过关是每一个手游的核心点，正如《风暴纪元》副本系统。游戏内地图副本分为普通副本和精英副本，其中普通副本中每个关卡每日可挑战99次，而精英副本只能挑战3次。体力消耗方面，普通副本一次消耗6点体力，精英副本一次消耗12点体力。
需要注意的是，副本挑战失败不会扣除体力，玩家可以放心挑战高难度副本，以此来测量自身英雄阵容的实力。
普通副本：
《风暴纪元》普通副本共有二十六章，第一章作为新手引导有13关，第二章至第九章各有15关，从第十章开始变为10关。除了关卡数量的变化，更大的变化在于敌军实力，第十章前，小关卡并无英雄，只有小BOSS和大BOSS关卡才会出现英雄。
从第十章开始，小关也会出现英雄，且BOSS们的数量和实力也直线上升，不过关卡奖励也变得更为丰厚。
完成相应的星级，可以获得相应星级的奖励，不仅有金币钻石，更有稀有的英雄和神器
精英副本：
精英副本没有普通副本的小关，玩家在这要直面守关的4名小BOSS和1名大BOSS。由于精英BOSS实力比普通副本更为强悍，所以对玩家而言非常具有挑战性，考验手中英雄的实力。
