这个“不通关就无法离开”的游戏已经被玩家打通了，所有人沉浸在喜悦中，并且放松自由的享受游戏。可是就在主角的攻略组干掉一个BOSS后，莫名其妙的空间崩塌，所有玩家都晕了过去，突然在BOSS房间出现了一个时空隧道，将所有人都吸了进去。

等到主角醒过来的时候，游戏内所有的一切都回到了游戏刚刚开服的第一天，除了主角自己，没有其他人记得之前发生过什么，大家都失忆了。游戏的设定也恢复如初，没有人可以登出游戏，主角为了活下来，只能再次为了通关努力。

然而重置的世界和之前的世界大不一样，因为这个空间混杂了很多其他类似游戏的元素进来，主角重新召集伙伴，并且救下了一个重要的人物：结衣。结衣本是游戏中的一段程序，具有人类形象和人类智能，拥有重置之前的记忆，并且重置之前就和主角关系密切，作为主角的女儿的角色。她知道重置的前因后果。

原来，这个死亡游戏的主脑是一个高级的人工智能，操控着多个类似的游戏空间，主角本来所在的游戏就是其中一个。这个高级人工智能拥有了自我意识，秉承着：“创建完美的生命体”将所控制的所有游戏空间融合，并且放射出重置程序“奇点电波”将游戏空间内的玩家数据重置、记忆重置;被重置的玩家数据产生的过剩能量背这个人工智能制作出“以玩家本身为蓝本的、拥有玩家技能与部分情绪的复制体”，复制体可以通过战胜对手后洗手对手能量进行进化，通过复制体的自我进化，达到创建完美的生命体的目的。

同时，在游戏未被重置之前，游戏内死亡的玩家会在现实中也确实死亡，不过该死亡玩家的所有脑电波与身体机能数据都会被转化为数码数据储存在某一个记忆区域。这个记忆区域无法被控制世界的人工智能所操控，只能由游戏的创造者(游戏内角色为缔造者，原著中角色为依兹克利夫)直接操控。戏剧化的是，缔造者在游戏开服后，也化身玩家参与到游戏的攻略中，本打算最后以最终BOSS的身份出现在主角等人的面前，却被主角提前识破身份，在游戏内击败，后来自主将意识融入游戏内，现实中的本体死亡。

这个数据储存区域在人工智能搞出空间融合的动作时被激活，所有本来在游戏内死亡的玩家都被人工智能重新塑造了身体与还原了意识，不过记忆仍然处于尘封状态，唯一例外的就是游戏的缔造者，他直接将自己的意识注入了新的身体中，拥有重置之前的记忆与强大的能力，他将自己等已经死亡又重新再游戏中复生的玩家成为“超念体”，是可以通过“觉醒”恢复原本记忆、拥有强大能力的，超越并且可以控制复制体的存在。所以缔造者打算纠集所有的超念体，并且致力于将所有游戏内有生命的玩家全部转化为超念体，最终打造一个“完美的世界”的目的。

以上是两方游戏内主角需要面对的最大敌对势力，后来还出现了第三个。

在另一款主角参与过的、以科技为背景的游戏中，存在一个杀手组织。这些人也是超念体的存在，最开始他们臣服于缔造者的超念体阻止，后来发觉缔造者改变方针，不再打算对有生玩家赶尽杀绝后，脱离了阻止。他们的理念完全不同，是打算灭绝所有人类。

于是，主角肩负着：通关游戏，剿灭复制体，对抗超念体和杀手组织的重任。最终击破了缔造者和杀手组织的心理防线，率领所有人类和曾经是人类的阵营，直逼错乱的人工智能，而最后面对他们的人工智能，也将自己化身为黑暗结衣的形象，进行了决战。