时间之门关卡分为六大难点，以及一些其他的注意事项。

一、剧情：那本书告诉两人他们需要合作才能获取方法，第一阶段就是时间，小梅没有时间而科迪没有时间概念，于是那本书将两人传送到了布谷鸟钟里。此时小梅可以分身，而科迪可以控制时间。

二、难点一：开始游戏后，科迪用表修复碎裂一地的布谷鸟雕像，于是两个玩偶就往前走了。往前走，右侧会塌下来，还是利用科迪的表修复，两人穿过之后准备拉拉杆。

三、难点二：拉拉杆钱，小梅放在门前一个分身，然后两人同时拉拉杆，拉开门的瞬间小梅传送过去，穿过们，在门另一边打开开关，让科迪跟进。

四、难点三：过来之后，直接跳到对面的台子上，然后科迪把挂有钩子的木杆抬起来，小梅跳到对面去才开关。

五、难点四：打开一个新区域后，小梅站在下图位置放分身，等科迪把鹰头放下来，就传送过去，然后科迪把小梅运上去，小梅去对面的台子上踩按钮，下面的玩偶就会继续前进。

六、难点五：看到一个猫头鹰雕像，让科迪还原后，前方有个踏板，小梅站上去，然后科迪松鼠踏板就会把小梅弹到对面。

七、到了对面科迪控制下图装置，升到最高，小梅放置分身，然后降下来小梅用分身到上层，再升起来就到上层了。

八、难点六：要踩3个按钮，科迪踩一个，小梅自己踩一个分身踩一个，踩下两个的时候瞬移到分身就可以完成。出现踏板后，小梅站在踏板上，让科迪将小梅弹出去，小梅落地后踩开关，两人会合。

九、回到两个人偶旁边，会看到两个钟，科迪将其抬起，小梅通过分身同时按下，就能通过了。

十、继续前进，看到一个着火的房子，两人跳到房顶，科迪控制雨，小梅控制云，把火都灭掉继续前进。

十一、来到桥前面，会看到桥头有两个按钮，需要小梅用分身来按，而科迪则可以控制下面的爪子卡住落下的桥梁，卡好后，人偶通过。

十二、来到门口，调整时间，抬头就能看到钟楼的时间，只要调到11：15分即可打开门。

十三、剧情：两个人偶走过去，但是两人却无法通过，只得从别的路走。到了尽头，看到那两本书，它告诉两人要想去大钟楼需要去两个小钟楼解谜，于是两人骑上小鸟前进。